甲状腺结节的病因目前尚不完全明确，可能与缺碘、促甲状腺激素分泌过多、自身抗体有关。
本病好发于上呼吸道感染者、亲属中患有此病者、妊娠期妇女，可由接触放射性物质、肥胖、过度劳累诱发。
杭州甲康医院讲主要病因：
1、缺碘时间较长时，病变发展，扩张的滤泡便聚集成多个大小不等的结节，形成结节性甲状腺肿。
2、促甲状腺激素分泌过多
促甲状腺激素分泌过多时，可引起甲状腺细胞过度增生，形成局限性的结节。
3、自身抗体
TGAb、TPOAb滴度与甲状腺结节发生具有相关性，这些抗体通过参与辅助T淋巴细胞的活化，激活补体和抗体依赖性细胞介导的细胞毒性作用，导致甲状腺细胞破坏。
4、遗传因素
甲状腺结节和各类甲状腺的发生可能与某些基因、基因的突变、激活、抑制、缺失等有关。
目前，已知多种候选基因参与了甲状腺结节尤其是甲状腺肿瘤的发病﹐如促甲状腺激素(TSH)受体(TSHR)，gsp、ras 、ret，营养神经的酪氨酸激酶受体(NTRK)等。
5、先天性甲状腺素合成障碍
甲状腺素合成过程中某些关键酶的基因突变导致的异常，如碘转运障碍、碘化酪氨酸偶联障碍、脱碘酶缺乏等，可出现甲状腺素合成障碍，甲状腺激素不足，反馈刺激垂体促甲状腺激素(TSH)分泌增多，导致甲状腺肿大，长期病程后可伴有甲状腺结节。
6、环境因素
特异性环境因素(如碘缺乏)可引起甲状腺肿大，同时还会影响甲状腺结节的基因型和表型，在促进甲状腺的发生中发挥至关重要的作用。